16или со дня заключения трудового договора?

Андрей, здравствуйте.

Исходя из смысла ст. 249 ТК РФ:

В случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.

Таким образом, при отсутствии иных условий в Договоре, предполагается, что отработать Вы должны после обучения срок, указанный в Договоре.

С уважением.

Здравствуйте Андрей!

Так вот возник вопрос- с какого момента идёт отсчёт времени этих 3х лет работы. Со дня заключения Трехстороннего договора по учебе(14.06.16)или со дня заключения трудового договора? (01.10.17)

В соответствии со ст. 61 ТК РФ трудовой договор вступает в силу со дня его подписания работником и работодателем, если иное не установлено настоящим Кодексом, другими федеральными законами, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации или трудовым договором, либо со дня фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя.
(в ред. Федеральных законов от 30.06.2006 N 90-ФЗ, от 28.12.2013 N 421-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Работник обязан приступить к исполнению трудовых обязанностей со дня, определенного трудовым договором.
Если в трудовом договоре не определен день начала работы, то работник должен приступить к работе на следующий рабочий день после вступления договора в силу.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Если работник не приступил к работе в день начала работы, установленный в соответствии с частью второй или третьей настоящей статьи, то работодатель имеет право аннулировать трудовой договор. Аннулированный трудовой договор считается незаключенным. Аннулирование трудового договора не лишает работника права на получение обеспечения по обязательному социальному страхованию при наступлении страхового случая в период со дня заключения трудового договора до дня его аннулирования.

Я так понимаю, что данный вопрос возник в связи с ем, что вы начали работать во время действия договора по учебе. Имеется ли у вас запись в трудовой книжке?

Добрый день, Андрей! 

А вот в трудовом договоре есть пункт в котором сказано, что работник должен отработать минимум 3 года в организации

Вот если дословно формулировка в трудовом договоре звучит именно вот так, то Вам отсчет надо вести не с того момента, как Вы начали обучение, а с того, момента как Вы заключили трудовой договор. Потому что термин «отработать» означает выполнение трудовых обязанностей в соответствии с заключенным трудовым договором, а не обучение. Поэтому учитываются именно три года работы. 

Что касается статьи 249 ТК РФ, то там указано:

В случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.

У Вас немного другая формулировка в трудовом договоре, поэтому ориентируйтесь на положения трудового договора.

С уважением!