Как получить недоплаченные средства от работодателя после увольнения?

Здравствуйте Александр. 

Вам нужно обращаться не в трудовую инспекцию, так как с Вами все же формального заключали не трудовой договора а гражданский правовой, а обращаться в суд и требовать признать Вашим правоотношения именно трудовыми.

Все дело в том, что трудовая инспекция рассматривает нарушения именно в рамках трудовых правоотношений, скорее всего на Ваше к ним обращение они Вам также дадут отписку и разъяснением о праве на обращение в суд.

ТК РФ Статья 16. Основания возникновения трудовых отношений

Трудовые отношения возникают между работником и работодателем на основании трудового договора, заключаемого ими в соответствии с настоящим Кодексом.

ТК РФ Статья 20. Стороны трудовых отношений

Работник — физическое лицо, вступившее в трудовые отношения с работодателем.

Работодатель — физическое лицо либо юридическое лицо (организация), вступившее в трудовые отношения с работником.

Роструд рассматривает же обращения в рамках Приказа Минтруда и соцзащиты РФ

от 30 октября 2012 года N 354н

Об утверждении Административного регламента исполнения Федеральной службой по труду и занятости государственной функции по осуществлению федерального государственного надзора за соблюдением трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права 

Административный регламент исполнения Федеральной службой по труду и занятости государственной функции по осуществлению федерального государственного надзора за соблюдением трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права

Административная процедура организации и проведения внеплановых проверок соблюдения работодателями обязательных требований

поступление в Роструд или его территориальный орган:

обращения или заявления работника о нарушении работодателем его трудовых прав;

http://docs.cntd.ru/document/9...

Т.е. формально Вы именно работником в понимании трудового законодательства не являетесь, вы исполнитель услуги, а другая сторона заказчик и регулируются Ваши правоотношения  в рамках

ГК РФ Статья 779. Договор возмездного оказания услуг

1. По договору возмездного оказания услуг исполнитель обязуется по заданию заказчика оказать услуги (совершить определенные действия или осуществить определенную деятельность), а заказчик обязуется оплатить эти услуги.

Все остальное нужно будет доказывать в суде, трудовая инспекция навряд ли самостоятельно будет заниматься признанием Вашего договора ГПХ трудовым.

Более подробно о различиях гражданского договора от трудового по ссылке:https://www.garant.ru/article/...

Во вложении к ответу образец-бланк жалобы в трудовую инспекцию.

Александр, здравствуйте!

Поскольку отношения по «гражданско-правовому договору» прекратились, для его переквалификации в трудовой Вам необходимо обратиться в суд в силу прямого указания закона. 

Срок для обращения в суд с указанным требованием составляет 3 месяца. Полагаю, что изложенный срок необходимо будет исчислять с момента получения Вами ответа работодателя на Вашу претензию. 

В случае прекращения отношений, связанных с использованием личного труда и возникших на основании гражданско-правового договора, признание этих отношений трудовыми отношениями осуществляется судом. Физическое лицо, являвшееся исполнителем по указанному договору, вправе обратиться в суд за признанием этих отношений трудовыми отношениями в порядке и в сроки, которые предусмотрены для рассмотрения индивидуальных трудовых споров. (ст. 19.1 ТК РФ)

Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении — в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки. (ст. 392 ТК РФ)

Что касается требований о выплате денежных средств. Указанные требования производны от требования об установлении трудовых отношений, срок для обращения в суд по ним составляет 1 год. 

Указанный срок, полагаю, должен исчисляться с момента фактического прекращения выполнения Вами работы. 

Требования о выплате денежных средств могут быть заявлены Вами в суд не ранее предъявления требования об установлении факта трудовых отношений: одновременно с требованием об установлении трудовых отношений (в одном иске) либо позже (после принятия судом решения по вопросу установления факта трудовых отношений, но не позднее 1 года с момента прекращения трудового договора).

С уважением, Александр Васильев