Обязана ли я погашать недостачу, если работала в магазине неофициально?

Основанием возникновения отношений является договор (в Вашем случае это должен был быть трудовой договор или, в худшем случае, гражданско — правовой). Только при заключении договора у сторон возникают обоюдные права и обязанности. Вы не несете ответственность, если юридически между вами нет никаких правоотношений. Что Вам делать — смотря какой результат для Вас наиболее предпочтительнее. Если настроены уходить — смело уходите без выплат, подарив работодателю ТК РФ.