Здравствуйте, Александр.
Индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на уплату единого налога, подают в налоговые органы в течение пяти дней со дня начала применения системы налогообложения, установленной главой 26.3 Налогового кодекса РФ, заявление о постановке на учёт организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.
Согласно пункту 1 статьи 116 НК РФ нарушение налогоплательщиком установленного настоящим Кодексом срока подачи заявления о постановке на учет в налоговом органе по основаниям, предусмотренным настоящим Кодексом, влечет взыскание штрафа в размере 10 тысяч рублей.
Так как налоговая наложила на Вас штраф, то, считаю, что тем самым она признала Вас плательщиком ЕНВД, состоящим на учете в качестве такового с той даты, что Вы указали в своем заявлении.
Так как Вы отчитались по ЕНВД и уплатили налог по виду деятельности 45.20 за период его применения, то платить по той же деятельности УСН не должны.
Поэтому претензий к Вам быть не должно.
Для сведения: ЕНВД отменяется с 01.01.2021 г., поэтому можете перейти на патент на ремонт авто согласно Закону СПБ «О введении на территории Санкт-Петербурга патентной системы налогообложения».
С уважением, Роман Артемьев.