Или лучше прийти к судье и объясниться со всеми "бумагами"?

Можно ли решить этот вопрос без судебного заседания? Или лучше прийти к судье и объясниться со всеми «бумагами»?

 Вопрос о прекращении производства по Вашей жалобе решается только в судебном заседании. Да и Вас не пропустят в здание суда в другое время в связи с ограничениями по КОВИДу. Поэтому Вы можете направить своё заявление либо об отказе от жалобы, либо о рассмотрении дела в Ваше отсутствие по почте.

Вместе с тем, ещё раз обращаю Ваше внимание на то, что если будет судом отменено постановление или Ваши действия будут переквалифицированы, а размер штрафа снижен, то оплаченный штраф или излишне уплаченную сумму штрафа Вы сможете возвратить путем подачи заявления «Организатору перевозок», являвшемуся получателем Вашего штрафа.

Так в силу приказа Минфина России от 18.12.2013 N 125н

27. Возврат плательщикам излишне уплаченных (взысканных) сумм, подлежащих возмещению сумм, а также сумм процентов за несвоевременное осуществление возврата и сумм процентов, начисленных на излишне взысканные суммы (далее — возврат сумм поступлений), осуществляется на основании Заявок на возврат, представленных администраторами поступлений в бюджеты, в срок, не превышающий 3-х рабочих дней, следующих за днем их представления в орган Федерального казначейства, исходя из сумм поступлений, подлежащих перечислению в бюджеты, в соответствии с настоящим Порядком.

Оплатив его Вы признали вину в совершенном правонарушении.

 Коллега, зачем такие утверждения? Оплата штрафа не является доказательством признания вины в совершенном правонарушении. Просто штраф мог быть оплачен, чтобы не был составлен ещё и протокол по по ч.1 ст. 20.25 КоАП РФ:

1. Неуплата административного штрафа в срок, предусмотренный настоящим Кодексом, - 
влечет наложение административного штрафа в двукратном размере суммы неуплаченного административного штрафа, но не менее одной тысячи рублей, либо административный арест на срок до пятнадцати суток, либо обязательные работы на срок до пятидесяти часов.

А то так и придется ходить по кругу и обжаловать каждое постановление, доказывая свою невиновность.

Просто штраф мог быть оплачен, чтобы не был составлен ещё и протокол по по ч.1 ст. 20.25 КоАП РФ:

Зачем платить штраф, если правонарушитель не согласен с постановлением и обжалует его? ст. 20.25 КоАП РФ может быть применена после истечения срока для добровольной уплаты штрафа в течении двух месяцев после этого. 

Вы о чем? речь идет о последствиях неявки в суд и не более того.