Законно ли прописывать в тк неустойку в 3 млн рублей по контракту если должность не входить в перечень с полной материальной ответственностью?

Здравствуйте. 

Если речь идет о трудовом договоре, а не договоре гражданско-правового характера, то, конечно, не может, так как пределы материальной ответственности установлены трудовым законодательством и такой свободы договора, как в гражданских отношениях, в трудовом праве нет.

При этом обратите внимание, что важно не название договора (трудовой или договор оказания услуг, например), а его содержание. И наличие условия о неустойке может свидетельствовать как о незаконности этого условия в рамках трудового договора, так и о законности такого условия в рамках гражданско-правового договора.