Как мне доделать документы до конца чтоб иметь все части?

Каждый наследник действует сам за себя.  Вам надо подавать на наследство после отца и отдельно после мамы. 

Если сын так и не объявился то вам надо настаивать на выдаче вам свидетельства о наследстве на все имущество отца. 

Если нотариус будет в этом отказывать пойдете в суд с иском  о признании права собственности на долю, которую нотариус оставляет за сыном. 

Так пишут в решениях судов: 

Возможность же принятия наследства связана с личным инициативным поведением наследника и его желанием принять наследство.… ФИО по делу такого желания не проявил. 

В 2004г отец умер, в 2013 умерла мать.

 Добрый день!

 Поскольку Вам было выдано свидетельство о праве собственности на 2/3 дома, а второму ребенку отца — на 1/3 дома, но он не занимается содержанием этого наследства, то Вы сможете претендовать на дою второго наследника в судебном порядке по праву приобретательной давности при открытом владении и пользовании всем имуществом дома на протяжении 18 лет (15 лет  в силу закона плюс 3 года — срок исковой давности) на основании ст. 234 Гражданского Кодекса РФ:

1. Лицо — гражданин или юридическое лицо, — не являющееся собственником имущества, но добросовестно, открыто и непрерывно владеющее как своим собственным недвижимым имуществом, если иные срок и условия приобретения не предусмотрены настоящей статьей, в течение пятнадцати лет 

Срок открытого и добросовестного владения должен исчисляться с момента смерти наследодателя — отца.

Обращайтесь в суд по месту нахождения домовладения, ответчиком указывайте второго наследника. Если его место жительства неизвестно, то адрес указывайте этого наследственного дома, а суд истребует сведения о месте регистрации второго наследника.

Доброго времени суток, Руслан!

Отвечу на Ваши вопросы по порядку:

Выяснилось по словам нотариуса у отца есть ещё один сын от первого брака который автоматически стал наследником, поэтому у меня получилось 2/3

Исходя из приложенных Вами документов Вы значитесь собственником как на 2/3 доли указанного имущества, так и на 1/3 (если осуществлена, конечно, государственная регистрация), поскольку во всех документах указано Ваше ФИО.

зачем тогда в письме это было указанно не понятно

Обычно таким образом обозначается шаблонный (стандартный) текст, являющийся универсальным ко всем случаям. Не обязательно, что все обозначенное подходило именно под Ваш случай.

Что касается второго лица, который, как указываете, является фактическим наследником, то с точки зрения закона преимуществ ни у Вас, ни у него нет по данной ситуации. Вам необходимо сначала понять соблюден ли срок принятия наследства, есть ли уважительные причины его несоблюдения, а также не заявления о принятии наследства нотариуса и действительно ли по закону он принял фактически наследство (оплачивал коммунальные расходы, содержал имущество и так далее) и отстаивать свою позицию. Если же не выйдет, то нужно признать долю незначительной и выкупить, в соответствии с положениями статьи 252 Гражданского Кодекса Российской Федерации.

С уважением,

Артем Гагикович!