Здравствуйте, Артем!
В соответствии с п. 3.1 ч. 1 ст. 17 Федерального закона от 27.07.2004 №79-ФЗ, госслужащий не вправе заниматься предпринимательской деятельностью ни лично, ни через доверенное лицо. Вы не уточнили, в какой организационно-правовой форме создан учебный центр, но предположу, что ООО.
Согласно ст. 48, 66, 87 ГК РФ, ООО — это коммерческое общество, то есть его цель — это систематическое извлечение прибыли, а участие гражданина в нем — это и есть предпринимательская деятельность.
Соответственно, Ваш партнер-госслужащий быть участником ООО не вправе. Поэтому, как Вы указали, участников в ЕГРЮЛ только двое.
Кто какую долю имеет в этой компании
Доли имеют те двое, что являются участниками. В соответствии с ч. 2 ст. 14 Федерального закона от 08.02.1998 №14-ФЗ, размеры долей определяются в соответствии с долями в уставном капитале, который внес каждый. Но эти доли уже отражены в ЕГРЮЛ, если Вы создали юридическое лицо.
Никаким договором нельзя получить долю в ООО, не являясь его участником.
Варианты ухода из компании
Для участников — в соответствии с уставом с учетом положений ст. 26 Федерального закона от 08.02.1998 №14-ФЗ. Не будучи участником, очевидно, нельзя и выйти из компании (он же в нее не входил).
Что будет предприниматься, если произойдут ссоры между создателями
Тут нужно понимать, что юридически партнер-госслужащий не является создателем, поэтому закон его никоим образом не защищает. Вы можете заключить с ним договор займа (ст. 808 ГК РФ) без согласования срока возврата. Тогда в случае чего, опираясь на ч. 2 ст. 810 ГК РФ, вы со вторым партнером должны будете вернуть ему деньги в течение 30 дней после получения требования. Так хотя бы он сможет вернуть вложенную сумму. Но ответственность будете нести перед ним вы двое как физические лица, а не созданное вами ООО.
Получение им прибыли законно никак не обосновать, поскольку это в принципе запрещено законом. Или вводите в состав участников его супруга / родителя / ребенка — кому он безоговорочно доверяет.