Обосновали: что раз теорию по пдд сдавала в городе Б значит практику сдавай тоже там

Формально их отказ правомерен. 

Как отмечено в постановление Правительства РФ от 24.10.2014 N 1097 «О допуске к управлению транспортными средствами»

3. Проведение экзаменов у лиц, постоянно проживающих в Российской Федерации, выдача российских национальных и международных водительских удостоверений и обмен иностранных водительских удостоверений осуществляются в подразделениях Госавтоинспекции по месту обращения указанных лиц.

И только в том случае, если в подразделении Госавтоинспекции по месту обращения нет возможности проведения экзаменов то  указанные административные процедуры (действия) осуществляются в подразделениях Госавтоинспекции, имеющих возможность их осуществления.

Однако в своем отказе сотрудники полиции руководствуются письмом ГУОБДД МВД России от 20.04.2017 N 13/4-3596 <О проведении экзаменов на право управления транспортным средством>  отмечалось, что

Основанием для начала предоставления государственной услуги является обращение заявителя в экзаменационное подразделение с заявлением и прилагаемыми документами, необходимыми для ее предоставления (пункт 60 Административного регламента). Результатом предоставления государственной услуги является выдача водительского удостоверения или отказ в проведении экзаменов и (или) выдаче водительского удостоверения (пункт 16 Административного регламента).

Подача дополнительного заявления на проведение отдельной административной процедуры Административным регламентом не предусмотрена.
Таким образом, государственная услуга предоставляется в одном подразделении Госавтоинспекции по месту подачи заявления.

Несмотря на то, что административный регламент сдачи водительского удостоверения изменился и в настоящее время действует приказ МВД России от 20.02.2021 N 80 в нем  не содержится прямого ограничения на возможность сдачи экзамена в ином подразделении ГИБДД, независимо от того где была начата процедура его сдачи.

Поскольку до настоящего времени услуга не завершена, то Ваша дочь вправе требовать ее оказание по месту обращения или требовать выдать ей письменный отказ с целью его последующего обжалования.

Получается: независимо от того что одна часть экзамена ( теория) сдана в другом городе, вторую часть — практику ( вождение) можем спокойно сдавать у себя в городе. А как нам это обосновать в отделе?

 Не думаю, что отдел примет во внимание Ваши доводы.

Действующее законодательство прямо не указывает на то, что практическая часть может быть сдана в другом подразделении.

И как уже отметил, сотрудники ГИБДД в своем отказе основываются на письме ГУОБДД МВД России от 20.04.2017 N 13/4-3596 <О проведении экзаменов на право управления транспортным средством> где дано разъяснение о том, что 

Таким образом, государственная услуга предоставляется в одном подразделении Госавтоинспекции по месту подачи заявления.

Вы же можете ссылаться на приказ МВД России от 20.02.2021 N 80
«Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по проведению экзаменов на право управления транспортными средствами и выдаче водительских удостоверений» из следующих положений которого 

35. Основания для приостановления предоставления государственной услуги законодательством Российской Федерации не предусмотрены.

и исчерпывающего перечня оснований для отказа в предоставлении услуги  НЕ следует возможность отказа в ее получении в ином подразделении ГИБДД, в котором имеется возможность принятия соответствующего экзамена.