Или хотят таким образом схитрить и потом дальше истребовать большую сумму?

В том случае, если с Вашей стороны, встречные исполнения по договору не осуществлены, то исполнитель, основываясь на ст. 718 ГК РФ

1. Заказчик обязан в случаях, в объеме и в порядке, предусмотренных договором подряда, оказывать подрядчику содействие в выполнении работы.
При неисполнении заказчиком этой обязанности подрядчик вправе требовать возмещения причиненных убытков, включая дополнительные издержки, вызванные простоем, либо перенесения сроков исполнения работы, либо увеличения указанной в договоре цены работы.
2. В случаях, когда исполнение работы по договору подряда стало невозможным вследствие действий или упущений заказчика, подрядчик сохраняет право на уплату ему указанной в договоре цены с учетом выполненной части работы.

Теперь исходя из указанных в претензии заявлений, обратимся к Вашему договору.

1. Исходя из содержания договора и технического задания к нему не усматривается, что на заказчике возложены обязанности по:

—  обеспечению строительными материалами, техникой и рабочей силой, 

—  по установке предохранительной решетки (колосниковый грохот) перед питающим бункером, для отсева негабаритного рудного материала (по чертежам ИГДС СО РАН);
— по приведению механизмов ротора РД-МДВ-900, подшипников из консервированного транспортного состояния в рабочее поставочное состояние (очистка, смазка);
— по установке ограждающей стенки перед приёмным бункером и отсыпки грунтом.
 обеспечению стабильной электроэнергией необходимой мощности (при 380 В более 260 А, 171 КВт).

В этой связи с силу ст. 704 ГК РФ

1. Если иное не предусмотрено договором подряда, работа выполняется иждивением подрядчика — из его материалов, его силами и средствами.

таким образом, поскольку иного не оговорено в договоре, указанные в претензии моменты должны были быть решены исполнителем самостоятельно, а следовательно, бездействие заказчика, поскольку ему договором не вменено в обязанность осуществления соответствующего встречного исполнения — на срок исполнения договора не повлияло.

2. В договоре и в ответе на претензию Вы ссылаетесь на то, что допущены сроки выполнения работ.

В само же договоре у Вас срок не определен. П. 10.2 у Вас определен срок действия договора — до исполнения обязательств по нему.

И в п. 2.1.6 Договора предусмотрено, что работы должны быть выполнены в сроки, установленные в календарном плане.
Сам календарный план Вы не представили.

Не видя данных сроков, сложно говорить о допущенном нарушении.

Более того, если у Вас сроки не были согласованы, то договор вообще можно посчитать незаключенным — поскольку не достигнуто соглашение по его существенным условиям, к числу которых отнесен и срок договора.

В связи с чем возникает вопрос, каким образом был определен срок исполнения договора?

Вопрос: стоит подписывать этот акт? Или хотят таким образом схитрить и потом дальше истребовать большую сумму? Надо сделать самим свой акт, чтобы претензий не было другу другу.

 что касается подписания данного акта, опять же возникает ряд вопросов.

Какие работы и в каком объеме к настоящему времени выполнены?

В том случае. если Вы расторгаете договор на основании п. 10.5 Договора — по соглашению сторон, то в ответ на указанный акт Вы можете направить встречный акт с расчетом выполненных к настоящему времени объему работ исходя из условий договора.