Добрый день.
1) В текущей ситуации по практике не возникнет ли острого желания у военкомата призвать меня на службу несмотря на отсрочку по академ отпуску?
Нет, поскольку с получением академического отпуска Вы не утрачиваете статус студента.
В том случае, если с его получением у Вас общая продолжительность обучения увеличивается не более чем на 1 год — то в силу ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» за Вами сохраняется право на отсрочку от призыва.
Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином: получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск
только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;
Таким образом, формальным условием ее сохранение является увеличение общей продолжительности обучения не более чем на 1 календарный год.
2) Может ли военкомат и иные связанные органы посчитать причину академического отпуска «неуважительной» и призвать на срочную службу и что в таком случае делать?
Нет, не может.
Академический отпуск является правом обучающегося и если вуз издал приказ о его предоставлении военкомат не имеет оснований проверять законность изданного приказа и тем более его оспаривать.
Действия военкомата в таком случае незаконны и могут быть обжалованы в суде или в прокуратуре.
3) Как юридически правильно оформить отсрочку в вузе и «зарегистрировать» её в военкомате ?
Вам исходя из ст. 10 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» следует направить в военкомат письменное заявление о получении академического отпуска с приложением к нему справки об обучении по форме, установленной Положением о призыве на военную службу.
Справку Вы можете получить в военно-учетном столе вуза, в которой будет уже установлен новый срок окончания Вашего обучения.