Разрешения на использование природных ресурсов оформляется только в виде лицензий или ещё что-то может быть?

Нужны еще эти документы:

Заявление об использовании природных ресурсов
Разрешение на использование природных ресурсов
Соглашение о постоянном (бессрочном) пользовании природными ресурсами
Договор аренды природных ресурсов
Сертификат соответствия на производство продуктов на природной основе
Экологическое согласование
Документы, подтверждающие соответствие экологических норм и правил
Экспертный отчет об оценке воздействия на окружающую среду.

Обоснование:

Статья 8 Федерального закона от 14.06.1994 N 33-ФЗ «Об охране окружающей среды»; статья 9 Федерального закона от 26.06.1995 N 88-ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях»; статья 12 Федерального закона от 26.06.2008 N 101-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации»; статья 15 Федерального закона от 24.04.1995 N 52-ФЗ «О животном мире».