Что мне грозит, если коллега взял деньги из кассы и заявил, что я знала?

Екатерина, добрый день.

Что мне грозит во всей этой ситуации?

 Ничего Вам в данном случае не грозит.

Денежные средства Вы из кассы не брали.

В этой связи обязанности возвращать их работодателю у Вас нет.

В силу ст. 233 ТК РФ материальная ответственность перед работодателем наступает  за ущерб, причиненный работником  в результате его виновного противоправного поведения (действий или бездействия).

В данном случае, в Ваших действиях нет ни виновного, ни противоправного поведения.

Вы лишь были осведомлены о том, что менеджер взял из кассы 2000 рублей, то что он сообщил иную информацию, ответственность для Вас за собой не влечет.

Вся ответственность перед работодателем лежит на лице, которое похитило денежные средства.

Насколько понимаю в отношении него возбудили уголовное дело. 

ПО данному делу Ваш максимальный процессуальный статус — свидетель, лицо которое было осведомлено об имевшем месте факте незаконного изъятия из кассы денежных средств.

В рамках уголовного дела, Ваш работодатель вправе заявить гражданский иск о взыскании с данного менеджера причиненного ему вреда в виде украденной суммы в полном объеме.

На нем в случае его осуждения будет лежать обязанность по его возмещению, что вытекает из ст. 243 ТК РФ

Материальная ответственность в полном размере причиненного ущерба возлагается на работника в следующих случаях:
5) причинения ущерба в результате преступных действий работника, установленных приговором суда;

В этой связи можете пояснить Вашем работодателю, что к хищению Вы не причастны.

Ваше участие в нем не установлено проведенной проверкой в порядке ст. 144 УПК РФ.

То, что сказал менеджер является оговором, не имеющим отношение к действительности.

В связи с чем Вы не обязаны возмещать причиненный ущерб.

Здравствуйте, по напарнику скорее всего возбудили уголовное дело по ст. 160 УК РФ —

Присвоение или растрата, часть статьи зависит уже от установленных обстоятельств 

По уголовному делу Вас допросят в качестве свидетеля, не совсем понятно откуда у Вас информация о том, что Вы якобы знали о хищении денег из кассы, говорить или нет о том, что Вы знали о том, что он взял 2000 руб. первоначально Вам решать, не ясно какой факт ему именно предъявляют, очевидно по 58 тысячам. Вы в данном случае не знали о том, что он присвоил себе эти деньги, так и говорите, доказательств, очевидно, кроме его слов нет, в Вашу сторону свидетельствует тот факт, что деньги похищены не в Вашу смену, при желании, если он продолжит на своих показаниях настаивать сотрудник может очную ставку провести, но, в принципе, это не предмет доказывания и не существенные противоречия, поэтому нет особого смысла её проводить. Даже, если продолжить настаивать, что Вы знали о ом, что он хищение совершил(хотя совсем не понятно зачем ему это нужно) и факт будет каким-то образом доказан — Вы не подлежите уголовной ответственности по ст. 316 УК РФ —  

Заранее не обещанное укрывательство особо тяжких преступлении.

Ответственность возможна только за укрывательство особо тяжких, ни одна часть ст. 160 УК РФ к категории особо тяжким не относится и доказательств также, кроме его слов — нет. О каком-то соучастии, как я понял. речи не ведётся, и доказательств также нет. Поэтому как всё было — так и поясняйте, про 2000 можно. вообще не сообщать. Деньги должен напарник, он и должен возвратить.       

Так как виновный установлен, кто именно похитил денежные средства в размере 58000 рублей, то для Вас нет оснований в привлечения к материальной ответственности работодателем. Так как условием для наступления материальной ответственности является вина. Показания второго менеджера если вы их не подтвердили являются голословными и не доказанными, таким образом не могут быть положены в основу привлечения Вас к ответственности за бездействие! Если работодатель все же привлечет к материальной ответственности Вы сможете ее оспорить в судебном порядке или обратиться с жалобой в инспекцию труда. Для увольнения по инициативе работодателя по основаниям пп7ч1 ст 81тк рф также отсутствует, так как вины в ваших действиях надлежащим образом не установлено. (Акт проверки итд).
Ст233 ТКРФ Материальная ответственность стороны трудового договора наступает за ущерб, причиненный ею другой стороне этого договора в результате ее виновного противоправного поведения (действий или бездействия), если иное не предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами.

Каждая из сторон трудового договора обязана доказать размер причиненного ей ущерба.

ст.81ч1пп7 тк рф 
Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:

7) совершения виновных действий работником, непосредственно обслуживающим денежные или товарные ценности, если эти действия дают основание для утраты доверия к нему со стороны работодателя;