Здравствуйте, Карина,
Порядок совершения действий в последний день срока определен в ст. 194 ГК РФ, согласно которой:
1. Если срок установлен для совершения какого-либо действия, оно может быть выполнено до двадцати четырех часов последнего дня срока.
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/143a8b473e89e5a2cea8295c7723c24f8ca661c8/
Таким образом, Вы вправе были совершить действие (оплатить повременный платеж) до 24 часов 03.09.
Таким образом, действия МФО неправомерны, так как срок оплаты, установленный в 03.09, не был Вами нарушен.
В то же время, необходимо смотреть договорные условия по авто платежу — то есть, на каких условиях Вы выразили МФО свое согласие на автоматическое списание денежных средств с карты.
Если условие, предположим — МФО вправе автоматически списывать сумму повременного платежа (% и т. п.) в последний день срока, когда должник обязан совершить этот платеж — то есть 03.09, то МФО действовало в соответствии с этими условиями и ничего не нарушило.
А вот если условие, предположим — МФО вправе автоматически списывать сумму повременного платежа, в случае его неоплаты должником в установленный срок (до 03.09 включительно), а срок такого списания — после истечения срока оплаты должником — то МФО нарушило договорные условия.
Желаю удачи,