Здравствуйте, Анна Башкардина!
Не понятно, почему Вы связываете возможность ребенку получить паспорт с фактом присутствия отца ребенка.
Отметка в св. о рождении, подтверждающая наличие у ребенка в возрасте до 14 лет гражданства Российской Федерации проставляется при наличии у ребенка гражданства Российской Федерации.
Проставление отметки осуществляется органом, ведающим делами о гражданстве Российской Федерации (МВД в частности), в день обращения родителя. Присутствие второго родителя не требуется.
Чтобы детально разобраться, есть ли возможность решить вашу проблему, Вы можете обратиться ко мне в чат в рамках платной услуги (стоимость и время согласовываются там же, после уточнения необходимых данных).