Какие последствия возможны после выявления подмены товара на кассе?

От 5 т.р. может быть признано значительным ущербом — ч. 2 ст. 158 УК РФ. 

До 2,5 т.р. — мелкое хищение и вовсе не уголовно наказуемо — а преследуется по ст. 7.27 КоАП РФ. 

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34661/412ce6914fb424f026e8cd400b1232288835797d/

То что оплатил, 6889

Значит пока выявили только такую сумму. Это тянет на уголовную ответственность — ч. 1 или 2 ст. 158 УК РФ. При этом если эта сумма распределна по дням, то это несколько административок. 

По тем эпизодам где сумма похищенного была не более 2, 5 тыс, у Вас было административное правонарушение по ст. 7.27 (мелкое хищение).

Срок привлечения по данной статье — 90 суток (ст. 4.5 КоАП РФ) и если онн истек, то привлечение уже не возможно

Дело в том, что забрать заявление из полиции нельзя вопреки распространенному заблуждению.

Если его подали и есть доказательства хищения вас могут привлечь к административной или уголовной ответственности в зависимости от суммы.

Когда это было?

не так драно зайдя в магазин, ко мне подошел директор и сказала что меня вычислили по видеокамерам, предложила оплатить сумму которую она насчитала по этим видеозаписям.

 это хороший знак.

То есть возможно они не захотели заморачиваться с заявлением.

Никаких гарантий  вам никто не даст.

Вам говорили о том, что его подали?

заявления которые якобы на меня написаны мне не отдали,

Даже если бы отдали, вам бы этого ничего не гарантировало.

Ничто не мешает распечатать новый экземпляр и подать.