Вопрос о выплате отпускных уволившимся сотрудникам ООО

Каким образом работники забрали трудовые книжки? Выкрали? Какие записи туда проведены? Оформлены ли приказы на увольнение? Как произведен окончательный расчет? 

Информации для грамотного ответа катастрофически мало. Все, что можно нарушить, вы уже нарушили, так теперь уже даже если все исправите, это не освободит от ответственности, если к таковой вас захотят привлечь. 

Но, может быть стоит и подождать, пока не истечет трехмесячный срок исковой давности по окончательному расчету (а по закону это случится не ранее 06.04.14 + 14 дней + 3 месяца, т.е. к 20 июля 2014 года)? И молиться, молиться чтобы в течение этого срока никаких новостей.

Здравствуйте. Как вариант позвонить тем сотрудникам которые уволились и попросить продублировать заявления. Тогда прикроетесь в этом плане.

Если есть хотя бы приказ на увольнение сотрудников, тогда книжки они забрали по закону. 

Насчёт выплат отпускных, так же можно позвонить или письменно известить их, чтобы пришли и им начислили отпускные и з/п если этого не было сделано при расчёте. 

У Вас в бухгалтерии должны быть расчётники с сотрудниками и ген.директором.

Личные дела сотрудников должны же остаться, да и труд.книжки просто так они не могли забрать. Поднимайте приказы, личные дела, бухгалтерию и смотрите как они увольнялись и расчитывались. На приказах об увольнении должны быть подписи сотрудников, если есть, то и проблем поменьше.

А вот если нет вообще ничего, могут быть санкции со стороны инспекции по труду и суда.