По договору даже у них прописано, что они могут уменьшить сумму штрафа в зависимости от случая

Добрый вечер.

Хочу уменьшить сумму штрафа, так как считаю несоизмеримым с причинённым ущербом.

 Сумму штрафа с Вас уже списали? 

Уменьшение суммы штрафа возможно в судебном порядке на основании ст. 333 ГК РФ, указывающей на то, что если сумма штрафа несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить его размер.

Но бремя доказывания несоразмерности суммы штрафа нарушенному обязательству будет лежать именно  на Вас.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 24.03.2016 N 7 «О применении судами некоторых положений Гражданского кодекса Российской Федерации об ответственности за нарушение обязательств»

на этот счет разъясняет, что 

75. При оценке соразмерности неустойки последствиям нарушения обязательства необходимо учитывать, что никто не вправе извлекать преимущества из своего незаконного поведения, а также то, что неправомерное пользование чужими денежными средствами не должно быть более выгодным для должника, чем условия правомерного пользования (пункты 3, 4 статьи 1 ГК РФ).
Доказательствами обоснованности размера неустойки могут служить, в частности, данные о среднем размере платы по краткосрочным кредитам на пополнение оборотных средств, выдаваемым кредитными организациями лицам, осуществляющим предпринимательскую деятельность, либо платы по краткосрочным кредитам, выдаваемым физическим лицам, в месте нахождения кредитора в период нарушения обязательства, а также о показателях инфляции за соответствующий период.