Учитывается ли код дохода 2003 и расчёте отпускных?

Как-то можно доказать неправомерность использования данного кода?

 Немного уточню свой ответ. 

Надо понимать, что для разных целей используются разные показатели заработка или дохода работника. 

КАК ПРАВИЛО по коду дохода 2003 отражаются выплаты, не связанные с выполнением трудовых обязанностей, например премии к праздничным или юбилейным датам. Премии по результатам труда, предусмотренные нормами законодательства Российской Федерации, трудовыми договорами (контрактами) и (или) коллективными договорами учитываются по коду дохода 2002, но только если они выплачиваются не за счет чистой прибыли работодателя и не из фондов специального назначения.

Может быть, что работодателем принято решение выплачивать премии за выполнение KPI из чистой прибыли, то есть не относить в налоговом учете на расходы. Однако, при этом на эти суммы все-таки уплачиваются страховые взносы как  на «трудовые» премии. 

Чтобы в этом разобраться, надо видеть учетную политику работодателя, локальные нормативные акты, Ваш трудовой договор, расчетный листок.  Такой анализ возможен только в рамках платной консультации, конечно. 

Я правильно понимаю, что при уходе в декрет данные суммы тоже не будут учитываться при расчёте больничного и декретных?

 зависит от того, уплачиваются ли с этих сумм страховые взносы. Если уплачиваются — будут учитываться в расчет среднего заработка, а если не уплачиваются — не будут. 

Насчет обязанности работодателя уплачивать страховые взносы на суммы «нетрудовых» премий есть две позиции, но налоговые органы как правило считают, что их надо платить. 

Как-то можно доказать неправомерность использования данного кода?

 можно сказать только после изучения вышеуказанных документов. 

Если Вы хотите продолжить обсуждение своей проблемы — обращайтесь в чат в рамках платной услуги.