Дочь закончила 11 классов со справкой, школа выдаёт аттестат за 9 класс, поступать будем в педколедж, программу за 10 и 11 класс будем повторно проходить?

Давайте разберём по порядку, чтобы было максимально понятно.

 
Что означает «со справкой»?
Если Ваша дочь окончила 11 классов, но не сдала ЕГЭ или не прошла итоговую аттестацию (ГИА), вместо аттестата о среднем общем образовании (11 классов) ей выдали справку об обучении.
При этом у неё остаётся аттестат за 9 класс (основное общее образование).

 
Что выдаёт школа?
Аттестат за 9 класс у неё уже есть — именно на его основании она может поступать в колледж.
«Справка» вместо аттестата за 11 класс не даёт права поступать в вуз или колледж как после 11 классов. Она лишь подтверждает факт обучения.
 
Поступление в педагогический колледж
Поступление будет происходить по аттестату за 9 класс, а не по справке за 11.
Соответственно:

ЕГЭ сдавать не нужно.
При поступлении учитываются оценки в аттестате за 9 класс.
 
Будет ли повторение программы 10–11 классов?
Нет, в колледже не повторяют программу 10–11 классов как в школе.
После 9 класса колледжи дают программу среднего профессионального образования (СПО), в которой:

Общие дисциплины (общеобразовательные) входят в состав первых курсов (частично повторяют школьную базу, но в сжатом виде).
Основной упор делается на профессиональные дисциплины.
Программу 10–11 классов как таковую она не обязана проходить заново и не будет учиться по школьным предметам в прежнем объёме.

 
Что делать, если всё же нужно получить аттестат за 11 класс?
Если хотите в будущем получить аттестат о среднем общем образовании, можно:

Сдать ЕГЭ (можно экстерном).
Получить документ в вечерней или заочной школе.
Но если она идёт сразу в колледж, необходимость в аттестате за 11 класс обычно отпадает.

 
Вывод
Поступаете в педколледж по аттестату за 9 класс.
Программу 10–11 классов «повторно» проходить не нужно.
После колледжа можно поступить в вуз без аттестата за 11 класс (по диплому СПО).