Можно ли как-то пересчитать их в счёт будущих платежей?

Здравствуйте.
Если долг за капитальный ремонт в части признан судом устаревшим (прошёл срок исковой давности) и не подлежащим взысканию, то удержание этой суммы в квитанции и её оплата вашей бабушкой является неправомерным.

По решению суда вы обязаны были оплатить только долг за последние 3 года, а оставшаяся сумма по истекшему сроку исковой давности не может требоваться к оплате.

Возможные действия:

Обратиться в управляющую компанию или регионального оператора с письменным требованием возврата переплаты по истекшему долгу. Приложите копию решения суда.
Если откажут — направить претензию с требованием зачесть эту сумму в счёт будущих платежей или вернуть денежные средства.
При отказе можно подать иск в суд о взыскании излишне уплаченных средств на основании статьи 1102 ГК РФ (возврат неосновательного обогащения).
Важный момент — срок исковой давности для возврата излишне уплаченных средств также составляет 3 года с момента оплаты, так что действовать нужно оперативно.

Если хотите, могу помочь составить претензию или подготовить исковое заявление в суд.

Если ответ был полезен — буду признателен за положительный отзыв.