Как правильно поступить в данной ситуации

Отрицательный остаток недопустим и указывает на ошибку. Путевой лист является первичным учетным документом, который подтверждает расходы ГСМ и с отрицательным остатком принимать и проводить в учете нельзя. Требуется служебное расследование и исправление. Недостоверные данные в нем делают его недействительным.

Ст. 9 Федерального закона «О бухгалтерском учете» № 402-ФЗ

Каждый факт хозяйственной жизни подлежит оформлению первичным учетным документом.
(Источник: Закон «О бухгалтерском учете»)

План действий:

Создайте комиссию (или назначьте ответственного) для установления причины расхождения (ошибка в данных, неверные нормы, неучтенная заправка).
Затребуйте у водителя письменное объяснение по факту отрицательного остатка.
На основании акта комиссии и объяснительной водителя внесите исправления в путевой лист. Исправления заверяются подписями ответственных лиц.
Если выявлен необоснованный перерасход, решите вопрос о возмещении ущерба водителем в порядке, установленном ТК РФ.

Важно!!!: Списание ГСМ по некорректно оформленному путевому листу не будет признано налоговой инспекцией в качестве расхода. Это повлечет за собой доначисление налога на прибыль и штрафы для организации.