Скажите, а в Президиум/Совет или в Попечительский Совет могут войти люди которые, в дальнейшем будут сотрудниками НКО (кроме руководителя НКО)?

Здравствуйте!

Какой вид НКО вы создаёте — фонд, АНО или общественную организацию? От формы зависят ограничения.
Если это АНО: работники могут входить в коллегиальный высший орган (Совет/Президиум), но их доля — не более 1/3 состава. 
Если это фонд: закон прямо не запрещает сотрудникам входить в Совет фонда или Попечительский совет; состав и запреты определяются уставом. 
Зачем осторожность с Попечительским советом? Это надзорный орган, поэтому его независимость критична — разумно в уставе запретить включать в него сотрудников и членов исполнительных органов, чтобы избежать конфликта ролей. 
Может ли учредитель-руководитель входить в эти органы? Да, если уставом не установлен запрет; для фонда часто специально закрепляют «развод» органов в уставе. 
Можно ли совмещать членство в органе и работу по трудовому договору? Да, если устав разрешает и соблюдаются правила о конфликте интересов (раскрытие заинтересованности, воздержание от голосования по «самим себе»). 
Практически: в уставе для АНО учтите лимит «не более 1/3 работников»; для фонда — пропишите независимость Попечительского совета (без сотрудников/исполнителей). 
Итог: сотрудники (кроме руководителя) могут входить в Совет/Президиум при отсутствии уставного запрета; для АНО — с лимитом, для фонда — лучше исключить их из Попечительского совета во избежание претензий проверяющих и доноров.