Вчера позвонил босу и сказал что я больничный закрыл и я заявление завтра передам вместе с больничным, и он сказал что заявление будешь переписывать и отрабатывать 2 недели

Здравствуйте. 

С формальной точки зрения, ваша позиция слаба в том, что заявление не было передано лично в руки и не имеет «живой» подписи.

Вы подали заявление об увольнении Согласно ч. 1 ст. 80 ТК РФ работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен ТК РФ или иным федеральным законом.

В Трудовом кодексе РФ нет понятия «отработка», но этот термин используется для обозначения обязательного двухнедельного срока предупреждения работодателя об увольнении по собственному желанию (статья 80 ТК РФ). Этот срок необходим, чтобы работодатель успел найти замену и подготовиться к уходу сотрудника. 

Время нахождения на больничном не может быть причиной для продления 14-дневного срока.

Работодатель не может по своей инициативе уволить работника, который находится на больничном (ч.6 ст. 81 ТК РФ), однако если это инициатива самого работника, никаких препятствий нет (ст.80 ТК РФ). 

Если моя консультация была вам полезна, оставьте, пожалуйста, положительный отзыв! Это не отнимет много времени, но очень поможет мне в развитии.