Здравствуйте! В доп. соглашении можно имзенить пункт договора, устанавливающий размер платы по договору. Примите этот пункт в новой редакции, указав новую сумму, с уже учтенным НДС.
Пример формулировки:
… именуемые в дальнешем Стороны, заключили настоящее дополнительное соглашение о нижеследующем:
1. Стороны пришли к соглашению внести изменения в п.… Договора, изложив его в следюущей редакции:
«п.…. Здесь указать пункт договора и поменять сумму, в том числе НДС в размере… рублей.»
Это стандатное решение проблемы. Чтобы полностью понимать ситуацию, необходимо как минимум ознакомится с договором и проанализировать фактические отношения сторон. Если понадобится помощь в составлении соглашения, можете обратиться ко мне в чат.