Здравствуйте.
Сайт налоги не начисляет, он высчитывается автоматически по данным, которые Вы включаете в декларацию. Соответственно, поскольку Вы такую декларацию подготовили и подписав (т.е. подтвердив достоверность внесенных в декларацию сведений) направили на камеральную проверку, налоговый орган считает, что расчет верен и Вы должны уплатить тот налог, который был рассчитан по Вашим сведениям.
Значит для того, чтобы подтвердить ошибочность сведений, внесенных в декларацию необходима подача уточненной декларации с внесением в нее сведений, которые соответствуют действительности. Согласно ст.81 НК РФ
При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации недостоверных сведений, а также ошибок, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик вправе внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей. При этом уточненная налоговая декларация, представленная после истечения установленного срока подачи декларации, не считается представленной с нарушением срока.
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19671/47b9619255352b248d98fdecc89f4eaa36a85018/
Поэтому уточняйте, внимательно проверяйте перед подписанием и направляйте уточненную декларацию в налоговый орган.
Примерный образец заполнения декларации для получения вычета за лечение можете посмотреть вот тут.
Ошибка с нулем в строке «Сумма налога удержанная» как раз и могла вызвать неверное начисление.
Если из‑за нуля система «увидела» как будто налог вообще не удерживался, она могла сформировать к доплате НДФЛ. При корректировке это, как правило, снимается.