Квартира оформлена на двоих, на меня и старшую дочь, младшая родиламь позже

Здравствуйте! Да, вы можете использовать материнский капитал  для покупки доли в квартире у своей старшей дочери. Однако, это возможно только при соблюдении двух главных условий: 1) такое улучшение ваших жилищных условий будет признано целесообразным, и 2) после покупки вы оформите доли в этой квартире на всех членов вашей семьи, включая младшую дочь, на средства которой приобретается доля .

Если вы выкупите долю старшей дочери, то станете единоличным собственником всей квартиры.
Позиция закона: Вам нужно будет доказать, что после того как вся квартира перейдет в вашу собственность, вы сможете выделить в ней законные доли всем членам семьи (в том числе вашему супругу, старшей и, что самое главное, младшей дочери). Это требование закона № 256-ФЗ.
Чтобы СФР одобрил использование материнского капитала на выкуп доли у старшей дочери, необходимо соблюсти следующие условия:

Улучшение жилищных условий. СФР должен увидеть, что после сделки ваша семья (и особенно младшая дочь, чьим капиталом вы распоряжаетесь) станет собственником жилья. Выкуп доли и выделение в ней доли младшей дочери как раз это условие выполняет.
Письменное обязательство о выделении долей. Вы должны будете подписать у нотариуса обязательство, в котором пообещаете, что после покупки доли и снятия всех обременений (если сделка не будет оформлена как покупка сразу с выделением долей), вы выделите доли в этой квартире всем членам вашей семьи: супругу, старшей и младшей дочери. Старшая дочь после продажи вам своей доли теряет право на долю в этой квартире, если только вы сами не наделите её ею снова по соглашению.
Достижение младшей дочерью 3-х лет. Если вы планируете использовать средства маткапитала без привлечения кредитных средств, то дождитесь, пока младшей дочери исполнится 3 года. Это требование действует, когда вы не используете ипотеку. Есть важные моменты:
1.Сделка по купле-продаже доли в праве общей долевой собственности подлежит обязательному нотариальному удостоверению. 
2.Поскольку ваша старшая дочь — взрослый человек, сделка возможна только с её добровольного согласия. Вы не можете принудительно выкупить её долю.
3.Если вы официально замужем, квартира, купленная в браке, считается совместно нажитым имуществом. Поэтому для сделки может потребоваться нотариально заверенное согласие вашего супруга. После покупки он также должен получить долю в квартире в рамках обязательства по маткапиталу.
4.СФР могут отказать, если посчитают, что вы просто перекладываете доли внутри семьи, а реального улучшения жилищных условий младшей дочери не происходит. Лучше заранее проконсультироваться в местном отделении СФР.

Итого:

Получите предварительную консультацию в отделении Социального фонда России по вашему месту жительства. Объясните им вашу схему и спросите, какие именно документы им нужны.
Договоритесь со старшей дочерью о цене выкупаемой доли. Обратите внимание, что цена не должна быть завышенной, иначе СФР может заподозрить нецелевое расходование средств.
Обратитесь к нотариусу для составления договора купли-продажи доли.
Подайте заявление в СФР о распоряжении средствами материнского капитала, приложив предварительный договор купли-продажи.
После одобрения СФР заключите основной договор купли-продажи у нотариуса и зарегистрируйте переход права собственности в Росреестре.
Выделите доли всем членам семьи (супругу, младшей дочери) в соответствии с вашим обязательством. Сделать это лучше сразу при оформлении сделки, чтобы не возвращаться к этому вопросу позже.