А автомобиль не отдают мотивируя результатом экспертизы, что номер выпилин с какой-то целью

По данному факту возбуждено уголовное дело по ст. 326 УК РФ

УК РФ Статья 326. Подделка или уничтожение идентификационного номера транспортного средства \ КонсультантПлюс

По нему проводится дознание. В рамках расследования дела автомобиль должен быть осмотрен и признан вещественным доказательством и помещен на охраняемую стоянку автотранспорта.

Но при признании вещественным доказательством дознаватель вправе решить вопрос о хранении в рамках ст.82 УПК РФ в отношении

1) предметов, которые в силу громоздкости или иных причин не могут храниться при уголовном деле....

 а) фотографируются или снимаются на видео- или кинопленку, по возможности опечатываются и по решению дознавателя, следователя передаются на хранение в соответствии с законодательством Российской Федерации в порядке, установленном Правительством Российской Федерации. К материалам уголовного дела приобщается документ о месте нахождения такого вещественного доказательства, а также может быть приобщен образец вещественного доказательства, достаточный для сравнительного исследования;

б) возвращаются их законному владельцу, если это возможно без ущерба для доказывания;

Как видите у дознавателя 2 варианта развития событий.

И вам надо подать грамотное ходатайство о том, чтобы вам было возвращено транспортное средство для хранения. Ходатайство подается в рамках ст.119-121 УПК РФ и дознаватель обязан дать ответ в течении 1-3 суток.

В случае отказа — обжалуйте в прокуратуру в порядке ст.123 УПК РФ или в суд в порядке ст.125 УПК РФ.

Перспективы возврата на ответственное хранение не слишком радужные, если установят факт угона или кражи авто. 

Машину арестовали, документы отдали, так как прошли экспертизу и по ним закрыли уголовное дело. А автомобиль не отдают мотивируя результатом экспертизы, что номер выпилин с какой-то целью. Отправляют запрос в Интерпол и таможню.

Вас вводят в заблуждение. Или вы не верно понимаете ситуацию.

Тут либо дело приостановлено по п.1 ч.1 ст.208 УПК РФ

УПК РФ Статья 208. Основания, порядок и сроки приостановления предварительного следствия \ КонсультантПлюс

И тогда в рамках ст. 209 УПК РФ дознаватель может направлять запросы в соответствующие органы.

Либо прекращено в рамках ст.213 УПК РФ, но тогда по нему никакие запросы не отправляются. А дознаватель обязан решить вопрос

9) решение о вещественных доказательствах, в том числе с указанием на то, что они признаны таковыми по другому уголовному делу (другим уголовным делам);

Предположу, что дело приостановлено по п.1 ч.1 ст.208 УПК РФ и вам следует обратиться с жалобой в прокуратуру для возобновления дознания и решения вопроса о судьбе вещ доказательства — вашего автомобиля.

В той же ст. 81 УПК РФ оговорено, что 

3. При вынесении приговора, а также определения или постановления о прекращении уголовного дела должен быть решен вопрос о вещественных доказательствах с учетом особенностей, предусмотренных частью третьей.1 настоящей статьи. При этом:
4) деньги, ценности и иное имущество, полученные в результате совершения преступления, и доходы от этого имущества подлежат возвращению законному владельцу;

Однако факт того, что автомобиль получен в результате совершенного преступления. Ввиду отсутствия доказанности данного факта — Вы можете требовать вернуть Вам автомобиль после окончания уголовного дела.

В свою очередь в <Письме> Генпрокуратуры СССР от 12.02.1990 N 34/15, Верховного Суда СССР от 12.02.1990 N 01-16/7-90, МВД СССР от 15.03.1990 N 1/1002, Минюста СССР от 14.02.1990 N К-8-106, КГБ СССР от 14.03.1990 N 441/Б

также отмечалось, что 

§ 60. После вынесения приговора (определения), постановления о прекращении уголовного дела в книге учета вещественных доказательств делается отметка о состоявшемся решении в отношении вещественных доказательств и иного имущества с указанием содержания и даты решения.
§ 61. Решение в отношении вещественных доказательств обращается к исполнению после вступления приговора (определения) в законную силу или истечения срока обжалования определения, постановления о прекращении дела.
§ 62. Если вещественные доказательства и иное имущество находятся на специальном хранении, по месту их хранения направляется копия или выписка из приговора, определения, постановления, в которой указано о дальнейшей судьбе этих объектов. Принятое решение является обязательным для руководителей учреждений, где находятся на хранении вещественные доказательства.

В случае если в постановлении о прекращении уголовного дела вопрос о судьбе транспортного средства не решен — Вам надлежит обжаловать указанное постановление в порядке ст. 125 УПК РФ.

В жалобе перед судом просить отменить данное постановление и вынести новое, которым уголовное дело прекратить и возложить обязанность по передаче Вам автомобиля, а также требовать исключить сведения об автомобиле из баз АИПС «Автоугон» и АИС «Уголовная статистика» во исполнение приказа N 89 ДСП от 12 февраля 2014 года.