Здравствуйте. Да, жаловаться в трудовую инспекцию можно, и в вашей ситуации есть признаки подмены трудовых отношений самозанятостью. Если вы фактически работали как обычный сотрудник: выполняли работу лично, по графику, под контролем руководителя, использовали рабочее место/корпоративные правила, получали регулярную оплату и были включены в рабочие процессы компании, то такие отношения могут быть признаны трудовыми. Это следует из ст. 15, 16, 56 и 67 ТК РФ. По ст. 19.1 ТК РФ трудовые отношения могут быть признаны фактически возникшими, даже если трудовой договор письменно не оформили.
Самозанятость не должна использоваться для ухода от оформления работника в штат. Если трудовые отношения будут установлены, работодатель обязан будет оформить период работы, начислить зарплату, компенсацию за неиспользованный отпуск по ст. 127 ТК РФ, страховые взносы и иные положенные выплаты. То, что вы гражданка Казахстана и имеете ВНЖ, не лишает вас права на трудовые гарантии в РФ: иностранные граждане, работающие в России, также защищаются трудовым законодательством.
Сейчас нужно собрать доказательства: переписку с руководителями, графики, задачи, пропуска, доступы, скриншоты рабочих чатов, выплаты от ООО/ИП, чеки самозанятой, должностные обязанности, свидетелей. После этого можно подать жалобу в трудовую инспекцию и прокуратуру, а также иск в суд о признании отношений трудовыми, взыскании компенсации за отпуск и иных выплат. Срок по спорам о выплатах — 1 год по ст. 392 ТК РФ, поэтому лучше не затягивать. Могу помочь подготовить жалобу в ГИТ и иск о признании трудовых отношений.