Возмещение за аварийное жильё нельзя занижать произвольно - по ст. 32 ЖК РФ в выкупную цену должна входить не только стоимость самой квартиры, но и доля в праве на земельный участок под домом, а также все убытки от переезда - поиск нового жилья, оформление документов, временное проживание. Если администрация насчитала сумму "по остаточной стоимости стен", без учёта рынка и земли - это законный повод спорить.
Отдельный момент - маткапитал. Если он был вложен в вашу трёхкомнатную, значит по закону детям должны быть выделены доли в этой квартире (либо есть нотариальное обязательство их выделить). Это значит, что любое распоряжение компенсацией или покупка новой квартиры взамен изъятой - под контролем органов опеки. Купить на всю сумму однушку на 5 человек, ущемив долю детей по метражу против того, что было, органы опеки, скорее всего, не согласуют - это ухудшение жилищных условий несовершеннолетних, а это прямо запрещено.
То, что у вас есть другое жильё - на сам размер возмещения за изъятие по ст. 32 ЖК не влияет, это не льгота и не соцвыплата, это компенсация собственнику за принудительное изъятие имущества. А вот на то, дадут ли вам взамен новую квартиру (а не деньги), и на доступ к дополнительным региональным субсидиям - влияет напрямую: при ином жилье в собственности власти обычно предлагают только выкуп, без доплат.
Итог: у вас накладываются две проблемы разного уровня - заниженная оценка и риск отказа опеки на использование денег/покупку жилья из-за долей детей. Решать нужно параллельно, иначе застрянете на этапе согласования сделки даже если сумму увеличите.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.