Нужно ли платить НДФЛ при продаже квартиры через 3 года владения за 5,5 или 6 млн рублей?

Здравствуйте
Если квартира в собственности менее установленного срока (если речь идет о ее приобретении ранее по договору купли-продажи, то 5 лет, однако если это единственное жилье — то 3 года), то вы должны уплачивать налог при ее продаже.
Для этого вам необходимо самостоятельно рассчитать и уплатить налог с полученного дохода (если он возникнет). При этом у вас имеется право на применение налоговых вычетов:
— на расходы по приобретению данного имущества. Как видно из вашего вопроса, вы можете их подтвердить  документально и предоставить эти документы к декларации на проверку;
— на имущественный вычет в фиксированном размере 1 000 000 руб. (если никакие документы не сохранились — не ваш случай).
Таким образом, если стоимость покупки квартиры вы сможете подтвердить, то налог будет рассчитан с разницы между покупкой и продажей. В одном случае — он может возникнуть, в другом нет (в зависимости от цены продажи).

При этом подать налоговую декларацию в обоих случаях обязательно (с документами, подтверждающими ваши расходы).

Также обязательно следует проверить кадастровую стоимость вашего жилья — занижения не должно быть, так как налоговый орган для исчисления суммы налога руководствуется 70 или даже 100 процентов (в зависимости от региона вашей регистрации).

Здравствуйте, Анастасия.

Правило о  сравнении кадастровой стоимости применяется в случае, если сумма дохода по ДКП меньше значения кадастровая стоимость* понижающий коэффициент. В зависимости от региона налогового учета налогоплательщика этот коэффициент может  быть равным и не 0,7.

Поскольку квартирой Вы владели менее минимального срока владения, то декларация подается в любом случае, право на вычеты в размере документально подтвержденных расходов реализуется как раз-таки путем декларирования с приложением подтверждающих документов, поэтому неважно, каков окажется налог к уплате.

Подробная консультация по налоговому планированию в связи с отчуждением недвижимости возможна индивидуально в чате.

С уважением