Здравствуйте.
Патент аннулируется автоматически при неуплате НДФЛ в установленный срок - это прямо предусмотрено п. 5 ст. 227.1 НК РФ. Но если оплата фактически была внесена, а система показывает "недействителен" - скорее всего дело не в реальной неуплате, а в том, что платёж не привязался к Вашему патенту в базе ГИС ГМП, с которой сверяется МВД.
Причин обычно две: либо в квитанции был неверный УИН/КБК (тогда деньги ушли, но система их "не видит" как оплату именно по Вашему патенту), либо банк долго передаёт данные в казначейство, и на момент проверки платёж просто ещё не отразился. Формально с точки зрения закона патент считается аннулированным именно с даты, когда истёк срок оплаты без поступления денег в систему - поэтому пока статус не исправлен, работать по такому патенту нельзя, это будет считаться нелегальной трудовой деятельностью с рисками штрафа и выдворения.
Важный нюанс: само по себе наличие чека на руках не является автоматическим доказательством для МВД - там смотрят именно данные ГИС ГМП, поэтому спор решается не звонком, а личным обращением с документами.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.