Что делать, если Соцфонд отказал в оплате доли в квартире материнским капиталом?

.Если оплатить продавцу другим способом, нужно ли перерегистрировать сделку, нотариус говорит что не надо, 

Если Вы заключите дополнительное соглашение к договору об изменении порядка расчётов  и отмене залога, то это соглашение также надо будет представить в Росреестр для приобщения в реестровое дело.

Далее продолжу.

Если потом через 2 года, когда ребёнку будет 3 года подать заявление на выплату, это реально?

Никто, и Соцфонд тоже, выплату  материнского капитала Вам просто так по заявлению не произведёт.

 Но Вы можете использовать маткапитал в соответствии с предоставленными законом возможностями.

 Если Вы купите квартиру с использованием ипотеки, то можно будет  средствами маткапитала погасить ипотеку, и в этом случае обязательно надо будет выделить доли в праве собственности на жилое помещение ребенку и супругу в силу ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ 

4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

При этом нотариус прав — необходимости перерегистрировать сделку нет (вообще сделки сейчас не регистрируется, а регистрируется переход права на недвижимость).

Согласно ст. 452 ГК РФ, изменение условий договора совершается в той же форме, что и сам договор. Так как основной договор был нотариальным (купля-продажи доли обязательна к нотариальному удостоверению в силу ст. 42 Федерального закона от 13.07.2015 № 218-ФЗ), дополнительное соглашение об изменении порядка расчетов также подлежит нотариальному удостоверению

1. Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор, если из закона, иных правовых актов, договора или обычаев не вытекает иное.

в договоре указывается, что расчет за долю происходит не материнским капиталом, а личными денежными средствами покупателя.

После полной выплаты денег продавцу, на основании заявления сторон Росреестр погасит запись об обременении в виде залога в пользу продавца.

Если потом через 2 года, когда ребёнку будет 3 года подать заявление на выплату, это реально?

Да, это реально. Вы ведь не воспользовались материнским капиталом, поэтому право на него у Вас сохраняется. Вы вправе им распорядиться любым способом, который предусмотрен Федеральным законом от 29.12.2006 № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

В соответствии со ст. 452 ГК РФ направьте другой стороне предложение об изменение условий заключенного договора, объясните причины для изменения, обозначьте срок для ответа

При неполучении ответа в указанный срок, (или 30 дней) можете обратиться в суд, просить изменить условия договора.