Добрый день, Ирина!
Действия заведующей являются незаконными. Скорее всего, она руководствуется положениями ст. 157 Трудового кодекса Российской Федерации:
Время простоя по причинам, не зависящим от работодателя и работника, оплачивается в размере не менее двух третей тарифной ставки, оклада (должностного оклада), рассчитанных пропорционально времени простоя.
Однако, это не правомерно. Режим труда и рабочего времени педагогических работников регулируется, как Вы правильно заметили, Приказом Минобрнауки РФ от 27.03.2006 N 69 «Об особенностях режима рабочего времени и времени отдыха педагогических и других работников образовательных учреждений».
В соответствии с п. 5.1. Указанного выше Приказа
Периоды отмены учебных занятий (образовательного процесса) для обучающихся, воспитанников по санитарно-эпидемиологическим, климатическим и другим основаниям являются рабочим временем педагогических и других работников образовательного учреждения.
Таким образом, несмотря на то, что дети находится на карантине — это время является рабочим временем и должно оплачиваться в полном размере!
Для осуществления перерасчета заработной плате напишите заявление работодателю с требованием выплатить заработную плату в полном размере, ссылаясь на указанный пункт Приказам Минобрнауки, при этом укажите, что в случае неудовлетворения Ваших требований — Вы будете вынуждены обратиться в Государственную инспекцию труда и в Прокуратуру.
Остались вопросы — задавайте.
Удачи!