Чем грозит указание того, что отгрузка произведена на основании договора?

Да, произвести взыскание задолженности и пени реально. В случае, если другая сторона будет утверждать, что поставка была произведена по другому договору, пусть докажут в порядке ст. 65 АПК РФ (у вас же арбитражный суд будет?), что между сторонами существовала эта сделка, представят копию этого договора. Со своей стороны так и говорите, что была допущена описка/опечатка, а существующий договор является единственной сделкой между сторонами.

Кроме пени вы можете также потребовать взыскание процентов по ст. 395 ГК РФ вплоть до даты реального погашения задолженности.

Согласен с коллегой Е. Серебренниковой! Кроме того, у Вас же имеется акт сверки взаиморасчетов, в котором должен быть отражен период задолженности. Так что по сути об ошибке с написанием даты заключения договора проблем быть не должно. Желаю успехов!