Добрый день, Ирина.
По первому запрету — полагаю, что работодатель прав. Это вытекает из совокупности норм:
ТК РФ. Ст. 91. Понятие рабочего времени. Нормальная продолжительность рабочего времени
Рабочее время — время, в течение которого работник в соответствии с правилами внутреннего трудового распорядка и условиями трудового договора должен исполнять трудовые обязанности, а также иные периоды времени, которые в соответствии с настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации относятся к рабочему времени.
ТК РФ. Статья 209. Основные понятия
Рабочее место — место, где работник должен находится или куда ему необходимо прибыть в связи с его работой и которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя.
В течение рабочего времени работник обязан находится на рабочем месте. Конечно, это не касается таких вещей, как, например, походы в туалет (если он расположен за территорией офиса).
Что касается второго запрета. ТК РФ не предусматривает такой разновидности перерыва, как перерыв для курения. Есть два вида перерыва — перерыв для отдыха и питания (ст. 108 ТК РФ) и специальные перерывы для обогрева и отдыха (ст. 109 ТК РФ). Второе точно отношения к делу не имеет, поэтому смотрим первое:
Статья 108. Перерывы для отдыха и питания
В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается.
Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.
На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.
Перерывы на курение относятся к перерывам для отдыха, поэтому работодатель имеет право засчитывать их в обеденный перерыв.
Увеличивать курильщикам продолжительность рабочего дня можно только в случае, если в трудовом договоре с работником «перекуры» зафиксированы как время отдыха, которое не включается в рабочее время. В противном случае это незаконно.