Что делать, если организация отказывается выплачивать компенсацию за неиспользованный доп отпуск?

Добрый день! 
В Вашем случае приоритет имеет Трудовой Кодекс, который устанавливает дополнительные отпуска (ст.14 ТК)  и надбавки (315 ТК).
Для перерасчета з/п обратитесь в письменном виде к работодателю. Лучше направить через канцелярию или заказным письмом (для того, чтобы была отметка о получении с датой).
Помимо этого, можно обратиться с жалобой в трудовую инспекцию.
Если работодатель откажет в перерасчете, обращайтесь в суд. 
Обратите внимание: по ст. 395 ТК, работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права. 
т.е. в суде Вы сможете взыскать только те надбавки, которые не были начислены за 3 месяца до подачи в суд. Доказать, что Вы не знали о нарушении своих прав за остальной период, будет довольно сложно (доказательствами могут послужить, например: 

• Вам не предоставляли расчетные листки; 
• Вы продолжаете работать ( в таком случае, нарушение носит длящийся характер). 

Восстановить сроки на обращение в суд возможно по уважительным причинам (командировка, болезнь, смерть близких людей, уход за тяжелобольным и т.д.)