Может ли руководитель вернуть деньги за учебный отпуск или сократить при расчете основной отпуск?

Согласно требованиям статьи 173 ТК РФ оплата учебного отпуска работнику — это гарантированная государством льгота. Поэтому работодатель обязан оплатить ваш учебный отпуск пропорционально вашему пребыванию у него в качестве работника (то есть не весь отпуск, а только период, в который вы у него работали). Если вы ещё имеете право и на очередной отпуск, то вам обязаны выплатить компенсацию за него, если он вами не использован. Учебный отпуск и очередной отпуск — это разные отпуска с разными правовыми последствиями и правами работника.