Как нам оформить правильно договорные отношения, чтобы корректно отправлять товары с сопроводительными документами через транспортную компанию со склада?

Добрый вечер!

 Мы интернет-магазин, продаем товар и принимаем оплату, но отгрузка покупателю происходит со склада (производство) в другом городе, там другое юр.лицо

В данном случае с этим «другим лицом» Вы можете заключить агентский договор руководствуясь ст. 1005 ГК РФ.

 По агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала.

В данном случае на основании  агентского договора это «другое лицо» будет выдавать покупателю товар со склада, либо направляет его покупателю транспортной компанией  от вашего имени (имени принципала) и за ваш счет.

По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от имени и за счет принципала, права и обязанности возникают непосредственно у принципала.