Сколько по закону они могут держать ее у себя и вообще правомерно ли это?

Здравствуйте, Анастасия!

Согласно ч. 1 ст. 82 УПК РФ 

Вещественные доказательства должны храниться при уголовном деле до вступления приговора в законную силу либо до истечения срока обжалования постановления или определения о прекращении уголовного дела и передаваться вместе с уголовным делом, за исключением случаев, предусмотренных настоящей статьей. В случае, когда спор о праве на имущество, являющееся вещественным доказательством, подлежит разрешению в порядке гражданского судопроизводства, вещественное доказательство хранится до вступления в силу решения суда.

Однако пп. б п. 1 ч. 2 ст. 82 УПК РФ установлено, что 

Вещественные доказательства в виде:
1) предметов, которые в силу громоздкости или иных причин не могут храниться при уголовном деле, в том числе большие партии товаров, хранение которых затруднено или издержки по обеспечению специальных условий хранения которых соизмеримы с их стоимостью: б) возвращаются их законному владельцу, если это возможно без ущерба для доказывания;

Таким образом, если автомобиль не признан вещественным доказательством и не проходит в материалах уголовного дела, Вам следует обжаловать бездействие следователя в порядке ст. 124 УПК РФ.