Могут ли быть проблемы с этим?

Здравствуйте, 

В вашем случае недостаточно информации о том, что вам лучше заключать трудовой договор или договор ГПХ, поэтому считаю, что Вы, проанализировав условия, примете приемлемое для Вас решение.

В договоре ГПХ определяются имущественные вопросы и другие вопросы взаимодействия сторон, сроки (начало и окончания оказания услуг, выполнения работ), порядок исполнения и результат работ (услуг), но стороны не состоят в трудовых отношениях.  Работающий по договору ГПХ не подчиняется правилам трудового распорядка, не имеете должностной инструкции, не имеет трудовых гарантий, оформление на должность не предусматривается. Исполнитель может работать в удобное для него время, если время прямо не оговорено в договоре ГПХ, важен сам результат, а не процесс, сам определяет методы и способы исполнения договора для достижения его результата.  

По договору ГПХ стороны согласовывают в договоре оплату, то есть цену договора и порядок оплаты (например, аванс и оплата по завершении и приемке работ на основании акта), нет понятия выплата заработной платы не менее 2-х раз в месяц, то есть понятие заработная плата – отсутствует.  

По трудовому договору работодатель производит удержание НДФЛ, уплату взносов в ПФР, ФОМС и ФСС. По договору ГПХ Заказчик удерживает НДФЛ, платит взносы в ПФР, ФОМС, а взносы в ФСС не платит.

Время выполнения договора ГПХ включается в общий трудовой стаж.