Здравствуйте Татьяна.
Ну во первых, договор бы видеть, в который нужно вносить изменения. Во вторых нужно понимать за чей счет будет покрываться разница между стоимостью доставки клиенту и фактической стоимостью доставки. Кроме этого нужно знать вашу «механику» взаимодействия с принципалом (например: заявка — доставка — отчет о доставке — оплата или как там у вас).
Ваша компания (как я понимаю) как агент заключает договор доставки с потребителем (в счете или другом документе), от своего имени, но за счет принципала (назову его курьером). Он осуществляет фактическую доставку, а стоимость доставки (для простоты 100 руб.) покупатель перечисляет Вам. Вы оставляете свой агентский процент (например 10 % — 10 руб.) от стоимости доставки (он же идет в доходы), а остаток — 90 руб., перечисляете курьеру.
Вы же хотите, при стоимости доставки 100 руб. уменьшить ее в счете для покупателя (например до 50 руб.).
Тогда, покупатель перечисляет Вам — 50 руб., вы берете свой процент — 5 руб. и 45 руб. перечисляете курьеру и вроде как должны ему доплатить из своих средств — 50 руб. (стоимость же 100 руб.) и отнести на расходы.
Конечно стороны вольны в заключении любых договоров и его условий, не противоречащих закону (ст. 421 ГК РФ), но нужно понимать для чего это условие и что делать с разницей. Как резонно отметил коллега, можно внести условие о субсидировании, компенсации разницы за Ваш счет.
В целом, в счете клиента можно указывать меньшую сумму, чем стоимость доставки. Или, учитывая, что стоимость доставки, скорее всего, будет для клиентов разная — они же могут быть территориально расположены в разных городах, в счете (или договоре с клиентом) указывать, что он оплачивает определенный % от доставки, а разницу цен покрываете вы. Если кончено он не будет себе в убыток работать.
Вообщем пишите, если что непонятно.