Здравствуйте,
Вообще, они должны автоматически снимать с учёта умерших, правда, это может быть долго, пока к Рим поступят сведения либо же если Вы не предоставляете свидетельство о смерти, регистрационные органы должны сделать запрос и после получения ответа снять с регистрационного учёта умершего
Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713 «Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня лиц, ответственных за прием и передачу в органы регистрационного учета документов для регистрации и снятия с регистрационного учета граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации»
… в случае если заинтересованным физическим… лицом не представлено свидетельство о смерти и в органе регистрационного учета отсутствуют сведения, предоставленные в соответствии с пунктом 1 статьи 13.2 Федерального закона «Об актах гражданского состояния», орган регистрационного учета запрашивает информацию о государственной регистрации смерти у оператора федеральной государственной информационной системы ведения Единого государственного реестра записей актов гражданского состояния посредством единой системы межведомственного электронного взаимодействия в соответствии с пунктом 2 статьи 13.2 Федерального закона «Об актах гражданского состояния».
А далее органы регистрационного учета на основании полученных документов и (или) сведений о государственной регистрации смерти, содержащихся в Едином государственном реестре записей актов гражданского состояния, предоставляемых в органы регистрационного учета в порядке, установленном законодательством об актах гражданского состояния
… снимают граждан с регистрационного учета по месту жительства не позднее рабочего дня, следующего за днем поступления таких документов и (или) сведений.