Можем ли мы отказаться выходить в ночные смены вместо беременной сотрудницы?

В соответствии со ст. 16 Трудового Кодекса РФ режим рабочего времени предусматривает продолжительность ежедневной работы (Смены), число смен в сутки. 

Ст. 103 ТК РФ устанавливает:

Сменная работа — работа в две, три или четыре смены — вводится в тех случаях, когда длительность производственного процесса превышает допустимую продолжительность ежедневной работы, а также в целях более эффективного использования оборудования, увеличения объема выпускаемой продукции или оказываемых услуг.
При сменной работе каждая группа работников должна производить работу в течение установленной продолжительности рабочего времени в соответствии с графиком сменности.
При составлении графиков сменности работодатель учитывает мнение представительного органа работников в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов. Графики сменности, как правило, являются приложением к коллективному договору.

Графики сменности доводятся до сведения работников не позднее чем за один месяц до введения их в действие.
Работа в течение двух смен подряд запрещается.

Таким образом, у вас изменился график сменности. Трудовой кодекс РФ не содержит норм, конкретизирующих порядок изменения графика сменности. Руководствуются общим правилом, что новый график должен быть доведён до сведения каждого работника не позднее чем за один месяц до введения его в действия. В локальных актах предприятия может быть установлен порядок внесения изменения в график сменности. Если данный порядок нарушен, то Вы можете не работать согласно новому графику сменности.

Кроме того, работа по новому графику сменности предполагает сверхурочную работу, так как Вам дополнительно распределили часы ночных смен другого сотрудника.

Согласно ч. 1 ст. 99 ТК РФ сверхурочная работа — работа, выполняемая работником по инициативе работодателя за пределами установленной для работника продолжительности рабочего времени: ежедневной работы (смены), а при суммированном учете рабочего времени — сверх нормального числа рабочих часов за учетный период. Общее правило, что привлечение к сверхурочной работе допускается с письменного согласия работника и с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации. Значит без Вашего согласия работодатель не может привлечь к работе в дополнительные ночные смены.

Кроме того, согласно ст. 97 Трудового кодекса РФ 

каждый час работы в ночное время подлежит повышенной оплате по сравнению с работой в нормальных условиях. Величина такой оплаты не может быть ниже установленной трудовым законодательством (ч. 1 ст. 154 ТК РФ). Это правило распространяется и на работников, принятых специально для работы в ночное время.
Постановлением Правительства РФ от 22.07.2008 N 554 предусмотрен единый для всех работников минимальный размер доплаты за работу в ночное время, а именно 20-процентная доплата за каждый час работы. Поскольку она определяется исходя из часовой тарифной ставки (оклада (должностного оклада), рассчитанного за час работы), другие доплаты и (или) надбавки при расчете не учитываются.
.РФ", 2018)).
Конкретные размеры повышения оплаты труда за работу в ночное время устанавливаются (ч. 3 ст. 154 ТК РФ):
— коллективным или трудовым договором;
— локальным нормативным актом.
Если работа в ночное время выполняется работником, например, сверхурочно, ее нужно оплачивать и как сверхурочную, и как работу в ночное время. В подобных ситуациях повышенная оплата применяется по каждому виду отклонений от нормальных условий труда (Письмо Минтруда России от 04.09.2018 N 14-1/ООГ-7353).
Таким образом, работодатель должен в повышенном размере оплачивать ночные сверхурочные смены. 

Попробуйте обратиться в профсоюз для защиты своих прав (если у вас таковой имеется) или в Государственную инспекцию труда.